W świetle ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych, program komputerowy, który spełnia przesłanki utworu jest objęty ochroną autorskoprawną przewidzianą w przywołanej ustawie.
Ochroną, zgodnie z ogólną definicją utworu, będą objęte tylko te elementy programu komputerowego, które stanowią przejaw działalności twórczej o indywidualnym charakterze, niezależnie od wartości, przeznaczenia i sposobu wyrażenia. Ustawodawca zrezygnował z zamieszczenia w ustawie definicji programu komputerowego w obawie przed jej dezaktualizacją w związku z szybkim postępem technologicznym w dziedzinie informatyki.
Ochrona autorskoprawna programu komputerowego, podobnie jak w przypadku pozostałych utworów, powstaje już w chwili jego ustalenia, chociażby miał on jeszcze postać nieukończoną.
Ochrona przewidziana w prawie autorskim jest niezależna od spełnienia jakichkolwiek formalności. W przeciwieństwie do ochrony przewidzianej w ustawie – prawo własności przemysłowej, do uzyskania której niezbędna jest rejestracja przedmiotu ochrony w Urzędzie Patentowym RP.
Zgodnie z ustawą o prawie autorskim i prawach pokrewnych, programy komputerowe podlegają ochronie na takich samych zasadach jak utwory literackie (chyba, że przepisy ustawy stanowią inaczej). Przedmiotem ochrony jest forma wyrażenia programu komputerowego, czyli przede wszystkim kod źródłowy. Poza ochroną pozostają idee i zasady będące podstawą jakiegokolwiek elementu programu komputerowego, a także jego funkcje. Sąd Apelacyjny w Poznaniu w wyroku z dnia 4 stycznia 1995 r. (sygn. akt I ACr 422/94) stwierdził, że podobieństwo w zakresie samej funkcji programów nie może być dostateczną podstawą naruszenia prawa autorskiego. Nic nie stoi zatem na przeszkodzie tworzeniu kolejnych aplikacji służących na przykład do weryfikowania składu produktów spożywczych, liczenia liczby spalanych podczas uprawiania sportu kalorii, czy też rozpoznawania utworów muzycznych, o ile zostaną one wyrażone w innej formie niż te, dotychczas istniejące oraz nie wprowadzają odbiorców w błąd, co do ich pochodzenia, poprzez zastosowanie łudząco podobnego interfejsu użytkownika.
Skoro ochrona autorskoprawna programów komputerowych jest w pewnym zakresie ograniczona, często rodzi się pytanie, czy program komputerowy można opatentować. Z ustawy – prawo własności przemysłowej wprost wynika, że za wynalazki nie uważa się w szczególności programów do maszyn cyfrowych, zatem programy komputerowe jako takie nie są patentowalne. Możliwe jest jednak udzielenie ochrony patentowej na wynalazki, których oprogramowanie jest niezbędną częścią, odpowiedzialną za funkcjonowanie maszyny. Ochroną objęty jest wówczas zarówno software, jak i hardware, jako całość, a nie sam program komputerowy.
Ochrony pewnych elementów programów komputerowych można również próbować dochodzić na podstawie przepisów ustawy o zwalczeniu nieuczciwej konkurencji, a w szczególności art. 13 tej ustawy, zgodnie z którym czynem nieuczciwej konkurencji jest naśladowanie gotowego produktu, polegające na tym, że za pomocą technicznych środków reprodukcji jest kopiowana zewnętrzna postać produktu, jeżeli może wprowadzić klientów w błąd co do tożsamości producenta lub produktu.
Zasadnicze znaczenie w sprawach o naruszenie praw autorskich do programu komputerowego ma ustalenie podmiotu, któremu te prawa przysługują. Zasadą w prawie autorskim jest, że autorskie prawa osobiste oraz majątkowe powstają na rzecz twórcy. Regulacja dotycząca programów komputerowych przewiduje wyjątek od tej zasady, zgodnie z którym prawa majątkowe do programu komputerowego stworzonego przez pracownika w wyniku wykonywania obowiązków ze stosunku pracy przysługują pracodawcy, o ile umowa między pracownikiem, a pracodawcą nie stanowi inaczej. Powyższy wyjątek nie dotyczy natomiast osób tworzących programy komputerowej na podstawie umów cywilnoprawnych (umowa o współpracy, umowa zlecenia, umowa o dzieło), co w branży IT jest niezwykle często spotykane. W przypadku takich osób szczególnie istotne jest właściwe sformułowanie umowy gwarantujące zleceniodawcom skuteczne nabycie praw autorskich do zamówionych programów komputerowych, jak również prawa do ich modyfikacji oraz korzystania ze zmodyfikowanego programu komputerowego. W przypadku braku uregulowania tej kwestii w umowie, zamawiający nie nabędzie praw autorskich do programu komputerowego i nie będzie mógł nim swobodnie dysponować nie naruszając praw autorskich twórców.